Cawangan Risikan
Sebagai pusat risikan setempat yang mengumpul, mengurus, menganalisis, meneliti, mengkaji dan menyebarkan maklumat berkaitan aktiviti penyeludupan dan penyelewengan secara sistematik bagi menghasilkan satu maklumat perisikan yang lengkap bertujuan untuk diambil tindakan secara proaktif.
Cawangan Siasatan
Cawangan Narkotik
Cawangan Pendakwaan, ABT dan Rayuan.
Mengendalikan pendakwaan ke atas kes-kes kriminal dan sivil yang diperolehi Jabatan, mengambil tindakan penguatkuasaan ke atas Akaun Belum Terima (ABT), mengendalikan kes-kes di bawah rayuan Menteri Kewangan dan rayuan di Tribunal Rayuan Kastam serta menjalankan kajian dan menyediakan deraf undang-undang dan deraf pindaan undang-undang Jabatan.
Cawangan Operasi, Marin dan Khidmat Sokongan.
Merancang, mengkoordinasi, melaksana dan memantau operasi bersepadu JKDM berdasarkan kepada maklumat yang diterima, laporan perisikan atau keperluan/arahan daripada Pengurusan Tertinggi Jabatan, merancang dan menguruskan perolehan serta penempatan aset-aset darat dan laut Jabatan dan melaksanakan serta memantau pengurusan stor penguatkuasaan dan aset alat bantuan operasi (ABO) Bahagian Penguatkuasaan.